EN|RU|UK
Блоги Владислав Кириченко
Редакция Цензор.НЕТ может не разделять позицию авторов. Ответственность за материалы в разделе "Блоги" несут авторы текстов.
  2443  2

Про стан діагностики коронавірусу в Україні

Провів насичений день в телефонних дзвінках та переписці з колишніми колегами по діагностичному ринку та науковим дослідженням в США, Європі та РФ. Зібрав купу інсайдів та цікавої інформації. Спробую написати коротко і максимально просто для тих, хто взагалі не в темі, що таке імунологія та молекулярна біологія, а потім приеттачити коменти від експертів та посилання на джерела, яким можна довіряти.

Звісно, що не вийде коротко, і пост буде не останній, а наступні скоригую відповідно Вашим коментам та запитанням.

Отже:
Для чого потрібна лабораторна діагностика і на чому вона базується.
Діагностика інфекційних захворювань має на меті:
1.Підтвердження або непідтвердження діагнозу у хворих з підозрою на конкретну хворобу з подальшим лікуванням та ізоляцією.
2. Обстеження тих, хто контактував з хворими, але не має наявних симптомів з - аналогічними п.1 наслідками або з індульгенцією на нормальне життя і пересування.
3. Постепідеміологічних досліджень з метою оцінки проблеми та прогнозування майбутніх ризиків та стратегії запобігання.

Два основних наразі методи діагностики вірусних інфекцій - імунологічний та ПЛР ( полімеразна ланцюгова реакція), перший базується на виявленні в виділеннях ( мокротинні , шмарклях) або крові пацієнта антитіл до специфічних антигенів вірусу, другий - на виявленні ДНК/РНК вірусу в крові, слині ітп.
Тобто імунологічні дослідження фіксують наявність специфічної до збудника імунної реакції організма, а ПЛР - наявність вірусних частинок у взятих пробах.

В чому різниця ?
ПЛР виявляє наявність низьких концентрацій РНК коронавірусу ( гепатиту, герпесу ітп) вже на 1-2 день інфікування, коли ще нема симптомів хвороби та не виробляються в достатній для порогової чутливості імунологічних методів антитіла, тому для оперативного скрінінгу кола тих, хто контактував з хворими у всьому світі використовують саме цей метод.

Імунологія:
На 7-8 день хвороби кількість IgM, а на 9-10 день вже і IgG
( імуноглобуліни M та G) достатня для імунологічної детекції, тому в цій фазі захворювання обидва методи (ПЛР та імунохімічний) працюють з однаковою ефективністю.

Важливо для постпандемічних досліджень:
Після одужання хворих, IgG, специфічні до вірусних антигенів, будуть детектуватися в крові, попри те, що ПЛР буде свідчити про відсутність вірусної РНК.
Це - такий собі медбіолікнеп:)
А тепер про те, чим і як діагностують українців:

В відкритих джерелах адекватної та детальної інформації від МОЗу та інших уповноважених інституцій я не знайшов, тому доповідаю, що вдалося з'ясувати з відкритих джерел та інсайдів:
1. Першими ПЛР-тест системи в Україну поставила фірма Біонікс, від маловідомої широкому загалу німецької фірми, цитую сайт Біонікса:

"ТЕСТ-СИСТЕМА ДЛЯ ВИЯВЛЕННЯ КОРОНАВІРУСУ CORONA VIRUS 2020 (WUHAN STRAIN) ВПЕРШЕ В УКРАЇНІ
5 ЛЮТОГО ми передали ПЕРШУ в Україні тест-систему для виявлення коронавірусу Corona Virus 2020 (WUHAN STRAIN) до Центру Громадського здоров'я МОЗ України.
Тест-система виробництва Genekam Biotechnology AG, розроблена і виготовлена в Німеччині, що підтверджується відповідним сертифікатом походження.
Користуватись набором просто: оператор має лише додати виділений зразок НК, та користуючись інструкцією, виконати стандартний протокол ПЛР-реакції. Набір містить все необхідне для аналізу, включаючи позитивний та негативний контролі."

На той момент, наскільки мені відомо, ще не було валідованих навіть урядом КНР ПЛР-тестів китайських виробників ( які мали двохмісячну фору та потужний науковий потенціал, так, не смійтеся, Китай - друга в світі наукова держава наразі), в руках у європейських, російських та американських дослідників не було взірців біологічного матеріалу інфікованих, тобто ПЛР-тести Генекам ( на мою упереджену думку) є скоріше прототипом майбутніх робочих систем, що створюються за усіма правилами та валідуються відповідно до вимог інституцій на кшталт американської FDA.
Ще один момент - незрозуміло, які реагенти і якого виробника використовуються в ЦГЗ для виділення РНК коронавірусу ( а це надважливо, бо якщо не виділити РНК, то й діагностувати нема чого) на сайті Біонікса я не знайшов інформації, так само як і про те, по скількох мішенях - одній, двом, трьом працюють праймери цього тесту, що теж важливо для коректної роботи тест-системи.
Довідково: ВООЗ рекомендує 2, а якщо докупи і SARS зі схожими симптомами - то 3.

Трохи пізніше в Україні з'явилися тест-системи американської компанії Integrated DNA-Technology, які не викликали зацікавленості держчиновників, до того ж імпортери не змогли завезти систем виділення та мастермікси для зворотньої транскрипції від корпорації Thermo, (без яких ядро тестів не працює), бо їм обрізали імпорт, бо з 2020 року у Тhermo в Україні, через мізерність ринку лишився лише один дістрибутор, заточений під тендерні поставки важкого-дорого обладнання, а не під швидку доставку реагентики.

Відомо, що Праймери/Зонди IDTмають 4 контролі:
N1,N2.N3( COVID-19 і група SARS ), що відповідає вимогам ВООЗ, що з цим у Genekam - я не розібрався, може хтось з менеджерів Біонікса прокоментує.

Практично в той же час компанія Діаген, що позиціонує себе, як вітчизняний виробник ПЛР-тест систем, тобто здатна перефасофувати російські реагенти та імплементувати R&D напрацювання свого російського власника ( не кидайтеся камінням, в цьому нема злочину, бо в Україні об'єктивно нема умов для повноцінного виробництва ПЛР тест-систем) заявила про те, що виводить на ринок свої тестсистеми, навіть засідання РНБО з цього приводу було, а потім якісь скандали на тему зради і країни-агресора.

Паралельно група ентузіастів без досвіду розробки і виробництва тест систем з ІМБІГ ( останній оплот державної молбіології в Україні), пообіцяли розробити свої, по-справжньому українські тести.

В результаті Діаген вже два тижні нічого не продає з невідомих нікому з моїх знайомих причин, кулібіни з ІМБІГ продовжують свої експерименти, які, на мою думку, так і не вийдуть за межі амбітних обіцянок..

Наразісхоже, що ЦГЗ МОЗ продовжує тестувати потенційно хворих на коронавірус з використанням вищеозвучених німецьких наборів, які не пройшли референсного порівняння з ПЛР-наборами інших компаній, (поправте мене, якщо хтось володіє більш актуальною інформацією) ,і,за великим рахунком, не є валідованими засобами клінічної лабораторної діагностики, що в принципі, не є злочином в екстремальній ситуації, бо якщо воно хоч щось детектує - і то добре:)

Днями великі корпорації, на кшталт Rosh, - роздуплилися і анонсували вихід на ринок своїх тестів, сподіваюся, що вони скоро будуть в Україні і референс-лабораторія ЦГЗ зможе зробити порівняльний аналіз що і як працює, бо Roshe - стандарт якості.

Про ПЛР-тест системи з РФії,щоі очікуються в Україні найближчим часом, - напишу завтра, так само, як і про експрес-тести, бо маю сумнів, що хоч хтось дочитає до кінця навіть цей текст.

Наостанок додаю пару матеріалів, що для мене з Вами підготували Ігор Джаман (Thermolab Inc) та Богдан Тарасюк ДНК-Технологія-Україна.

1.Контроль за продуктами харчування та лікарськими засобами здійснюється федеральним агентством Міністерства охорони здоров'я та соціальних служб США – FDA (Food and Drug Adminstration).

Протягом лютого та березня це агенство відреагувало на надзвичайну ситуацію з коронавірусом COVID-19 і видало низку розпоряджень для спрощення та пришвидшення боротьби з пандемією.

Окремо вийшло кілька спеціальних розпоряджень щодо екстренного використання виробів медпризначення для діагностики (Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) Emergency Use Authorizations for Medical Devices).

Їх суть полягає в тому що на період надзвичайної ситуації дотримання вимог щодо державних регуляцій не є обовязковим у випадку коронавірсу.
FDA пропонує спрощену і пришвидшену процедуру дозволу випуску і використання наборів (за 15 робочих днів).
На сьогодні є наступні авторизовані виробники ПЛР- реагентів , що скористалися спеціальним розпорядженням:

Integrated DNA Technologies (IDT): https://www.idtdna.com/…/land…/coronavirus-research-reagents

Biosearch Technologies: https://www.biosearchtech.com/…/2019-ncov-cdc-probe-and-pri…

Roche (March 13): https://diagnostics.roche.com/…/general-information-cobas-s…

На підході:
SynBio: https://www.synbio-tech.com/2019-ncov-probes/
Всі ці реагенти мають статус RUO (Research use only), але дозволено використовувати в діагностиці.

2. Те, що очікується в Україні від дистрибуторів азійських виробників:
Компанія АЛТ
- Тест система Allplex™ 2019-nCoV Assay, CE-IVD (компанія Seegene, Республіка Корея)
Не підходить до половини ПЛР-приладів, що є в лабораторіях України

- Тест система SARS-CoV-2 one step RT-PCR, (компанія PCL Inc. Республіка Корея)
Адаптована до більшості ПЛР-приладів:
Прилади: AB 7500 Real-time PCR, Rotor-gene, Bio-Rad CFX96

Хімлаборреактив
-Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real Time RT-PCR Kit (Getein Biotech,Inc, КНР)
Використовує канали FAM і HEX
Підходить майже до всіх поширених ПЛР-приладів.

3.Посилання на протоколи діагностики коронавірусу ВООЗ:

https://www.who.int/…/coronavi…/peiris-protocol-16-1-20.pdf…
CDC:
https://www.cdc.gov/…/lab/rt-pcr-detection-instructions.html

З документів видно, що для детекції конкретно COVID-19 використовують дві мішені, або три мішені - у випадку детекції COVID-19 плюс група вірусів SARS.

Комментировать
Сортировать:
в виде дерева
по дате
по имени пользователя
по рейтингу
 
 
 
 
 
 вверх